ราชินีซากุระแห่งอาณาจักรเวสปาเนียถูกลอบสังหาร ขณะที่เจ้าชายกิลถูกตั้งข้อหาฆาตกรรมและฆ่าตัวตายตาม ด้วยแรงจูงใจทางการเมือง มรดกตกไปให้เจ้าหญิงมิร่า (Mira) แต่มีเสียงคัดค้าน หน่วยงานของรัฐจึงส่ง มิร่าสู่ญี่ปุ่นเพื่อปรับภาพลักษณ์ เมื่อมาที่โตเกียว เจ้า Mira พบว่ามีตัวแทนเธอคือ รัน โมริ ซึ่งสลับหน้ากับเธอเพื่อความปลอดภัย
ลูแปงที่ 3 และพรรคพวกเดินทางมาพร้อมแผนขโมยมงกุฎแห่งเวสปาเนีย แต่อย่างไรก็ตาม โคนัน เข้ามาสืบคดีลอบวางยาและการเสียชีวิตของราชินี ร่วมกับ โคโระ โมริ, เมกุเระ, และ เซนิกาตะ
เรื่องเผยว่าจอมขุนนาง เจอราร์ด มุสกา เป็นลูกพี่ลูกน้องราชินีผู้แฝงแผนชั่วร้าย ทั้งทำให้เกิดคดี ตลอดจนพลิกเกมเมื่อ ลูแปง และ โคนัน ร่วมมือกันเปิดโปงและคืนมงกุฎให้แก่ราชินี—พร้อมจังหวะมิตรภาพเหนือคู่แข่งครับ