เบ็น เท็นนีสัน ในวัย 16 ปี ต้องออกปฏิบัติภารกิจปกป้องโลกพร้อมกับคู่หูคนใหม่อย่าง “รูค บลังโก” ช่างเทคนิคฝึกหัดผู้เคร่งครัดในกฎระเบียบ ทั้งคู่ต้องเผชิญหน้ากับศัตรูใหม่และเก่า รวมถึงการค้นพบความลับของอันเดอร์ทาวน์ เมืองของเหล่าเอเลี่ยนที่ซ่อนอยู่ใต้พื้นผิวโลก ขณะที่เบ็นต้องเรียนรู้วิธีการใช้ ออมนิทริกซ์ รุ่นใหม่ที่ยังควบคุมได้ไม่เต็มร้อย