เรื่องราวคู่ขนานระหว่างโลกแห่งความจริงและโลกต่างมิติ ในโลกความจริง คุโรอิ มาโตะ เด็กสาวมัธยมต้นพยายามสานสัมพันธ์กับเพื่อนใหม่อย่าง ทาคานาชิ โยมิ แต่ความขัดแย้งและความเจ็บปวดในจิตใจของพวกเธอได้สะท้อนออกมาเป็นการต่อสู้สุดระห่ำระหว่าง Black★Rock Shooter และ Dead Master ในโลกอีกมิติหนึ่งที่ดูดซับความทุกข์ทรมานของพวกเธอเอาไว้