โคนันลื่นล้มในโรงอาบน้ำของดร.อากาสะ และได้รับสารหลับโดยไม่รู้ตัว จึง สูญเสียความจำ กลายเป็นเด็กธรรมดา ใช้ชีวิตตามปกติของชื่อ “เอโดะงาวะ” ซึ่งถูกลักพาตัวเพื่อให้ลงมือฆ่าเป้าหมายให้แก๊ง แต่กลับจำไม่ได้และเข้าไปพัวพันกับคดีฆาตกรรม
รัน, ไฮบาระ และอากาสะ พยายามติดตามโคนันก่อนกำหนดทำภารกิจโหด ในช่วง สองวันที่เลวร้ายที่สุด พวกเขาต้องไขปริศนา, หาทางฟื้นความจำโคนัน และช่วยจับคนร้ายให้ทันเวลา