ย้อนเล่าเหตุการณ์ก่อนร่างโคนันแข็งตัว: เรื่องเริ่มเมื่อ Shinichi Kudo นักสืบไฮสคูล เสนอเดทไปที่อควาเรียมกับ Ran Mori กลับพบคดีฆาตกรรมในสะพานหอคอยละแวกนั้น และช่วยแฟนเก่า Hina Wada จากการถูกทำร้าย โดยมีตัวละครใหม่ครบ เช่น Hina และ Sonoko
หลังจากนั้น Shinichi สืบจนตกลงปะทะกับองค์กรชุดดำ พบ Gin กับ Vodka ก่อนถูกบังคับกินยา APTX-4869 และกลายร่างเป็นเด็ก นับเป็นจุดเริ่มต้นซีรีส์ ร่วมกับเหตุการณ์ที่ Gin ดักและฆ่าชายในรถพยายามเอารูปอดีตสายลับ – เสริมฉากจากมังงะและอนิเมะตอนแรกอย่างลุ่มลึก