โคนัน, รัน, โคโกโร่, เด็กๆ และเพื่อนร่วมเดินทางไปพักผ่อนที่ เกาะโคอุมิ ซึ่งมีตำนานโจรสลัดสาว Anne Bonny และ Mary Read ที่ซ่อนสมบัติใต้ทะเลมา 300 ปี พวกเขาพบกลุ่มนักล่าสมบัติที่มาดำน้ำหา แต่เมื่อผู้ล่าคนหนึ่งถูกฉลามโจมตี ตายอย่างผิดสังเกต โคนันและไฮบาระต้องร่วมสืบสวนเบื้องหลังเหตุฆาตกรรม ทั้งที่เหมือนอุบัติเหตุหรือถูกวางแผน — และมีปริศนาจากแผนที่สมบัติ, ความสัมพันธ์ลับๆ และ “Jolly Roger” เป็นคีย์สำคัญ