หัวหน้าบริษัทโอเนะบุนซัทสึ ทาคุโซ โอเนะ ได้รับจดหมายจากจอมโจรคิด ชักชวนให้ขโมยดาบวาคิซาชิ 2 เล่มที่เคยเป็นของ Hijikata Toshizō ซึ่งเก็บไว้ในโกดังฮาโกดาเตะ ขณะเดียวกัน เฮย์จิ ฮัตโตริ มาร่วมแข่งขันเคนโด้ในฮาโกดาเตะ พร้อมด้วย รัน–โคนัน–คาซึยะ ดำเนินเรื่องต่อด้วยการไขปริศนาเกี่ยวกับดาบและการฆาตกรรมสังหารนักกฎหมายผู้เกี่ยวข้อง
โคนัน, เฮย์จิ และคิด จึงต้องตามหาดาบทั้งหกเล่มซึ่งเป็นกุญแจนำไปสู่ขุมทรัพย์ของตระกูลโอเนะ ขณะเดียวกัน ผู้ร้ายจริงคือ Brian D. Kadokura นักค้าอาวุธที่ล้างแค้นและพยายามยึดอำนาจผ่านขุมทรัพย์ มีจอมโจรดำ Kaitou Corbeau ปรากฏตัวช่วยไขปริศนา ดาบสุดท้ายคือ “Seiryōtō” ต่อมาฉากชิงขุมทรัพย์สุดระทึกที่ปราการ 5 แฉก (Goryōkaku) ถูกเปิดเผย!