เรื่องราวเปิดฉากด้วยแผนปล้นไข่อีสเตอร์สุดล้ำค่า Fabergé ที่ออกแบบโดยราชวงศ์รัสเซียในปลายศตวรรษ 19 โดย Kaitou Kid โดยตั้งใจใช้ปล้นสองใบขนานกันใน เมืองโอซาก้า — หนึ่งใบที่โชว์ประชาชน อีกใบอยู่ใต้การดูแลจากตำรวจ 
โคนันร่วมกับ รัน, โคโกโร่, ฮัตโตะริ และ โซเนะโกะ ต้องจับต้นชนปลายจาก clue หลัก ได้แก่ “ไข่แห่งความทรงจำ” และสัญญาณจากอดีตโรมานอฟ — ก่อนที่ Kid จะเปลี่ยน identity และเปิดเผยความลับสุดท้ายในคฤหาสน์ลึกลับ