เข้าสู่ช่วงเทอมที่ 2 ของเหล่านักเรียนห้อง 3-E ภารกิจสังหารอาจารย์โคโระยังคงดำเนินต่อไป แต่ความกดดันเพิ่มขึ้นเมื่อเวลาที่โลกจะถูกทำลายใกล้เข้ามาทุกที พวกเขาต้องเผชิญกับศัตรูใหม่ๆ ...

เมื่อสิ่งมีชีวิตประหลาดรูปร่างคล้ายปลาหมึกสีเหลืองที่มีพลังทำลายล้างดวงจันทร์ไปกว่าครึ่งประกาศว่าจะทำลายโลกในอีก 1 ปีข้างหน้า แต่กลับยื่นข้อเสนอขอมาเป็นครูประจำชั้นห้อง 3-E ...