โดราเอมอนและเพื่อนๆ ตัดสินใจไปตั้งแคมป์ใต้ทะเลลึกด้วยรถบั๊กกี้สะเทินน้ำสะเทินบกที่มีชีวิตจิตใจ พวกเขาได้ค้นพบอารยธรรมโบราณ “มู” ที่ซ่อนตัวอยู่ใต้สมุทร แต่ความสงบสุขก็ถูกคุกคามโดยระบบอาวุธนิวเคลียร์ “โพไซดอน” ที่ถูกตั้งโปรแกรมให้ทำลายล้างโลกจากอาณาจักรศัตรูที่ล่มสลายไปแล้วอย่าง “แอตแลนติส” โดราเอมอนและเพื่อนๆ จึงต้องร่วมมือกับชาวมูเพื่อหยุดยั้งการทำลายล้างนี้ โดยมีรถบั๊กกี้เป็นกุญแจสำคัญในการเสียสละครั้งสุดท้าย