โนบิตะมีความฝันอยากไปอยู่บนสวรรค์ โดราเอมอนจึงใช้ของวิเศษสร้าง “อาณาจักรบนเมฆ” ขึ้นมาเพื่อให้เพื่อนๆ ได้มาเล่นสนุกกัน แต่แล้วพวกเขากลับพบว่าบนเมฆไม่ได้มีแค่เกาะที่พวกเขาสร้างขึ้น แต่ยังมี “อาณาจักรของชาวสวรรค์” ที่มีอยู่จริง ซึ่งชาวสวรรค์เหล่านี้กำลังมีแผนการ “โนอา” เพื่อชำระล้างโลกมนุษย์ด้วยน้ำท่วมใหญ่ เพราะโกรธแค้นที่มนุษย์ทำลายสิ่งแวดล้อม โดราเอมอนและเพื่อนๆ จึงต้องพยายามเจรจาและหาทางยับยั้งแผนการนี้เพื่อช่วยโลกให้พ้นวิกฤต