เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นเมื่อโนบิตะได้พบกับลูกพายุตัวน้อยที่เขาตั้งชื่อว่า “ฟูโกะ” ซึ่งมาจากหมู่บ้านแห่งสายลม โดราเอมอนและเพื่อนๆ ได้ตามฟูโกะไปยังหมู่บ้านของเธอและพบกับอารยธรรมที่ใช้พลังงานลมเป็นหลัก แต่ดินแดนแห่งนี้กำลังถูกคุกคามโดยกลุ่มอูรันดาที่ต้องการปลุกปีศาจพายุโบราณ “มาฟูกะ” ขึ้นมาเพื่อทำลายโลก โนบิตะและฟูโกะต้องร่วมมือกันต่อสู้เพื่อปกป้องมิตรภาพและดินแดนแห่งสายลมจากการล่มสลาย