เมื่อก็อดซิลลาที่เต็มไปด้วยความแค้นจากวิญญาณผู้เสียชีวิตในสงครามโลกครั้งที่ 2 กลับมาบุกญี่ปุ่นอีกครั้งในฐานะ “อสูรกายไสยศาสตร์” ที่มีดวงตาสีขาวโพลนและเป็นอมตะ ญี่ปุ่นจึงไร้ทางสู้ จนกระทั่งสัตว์เทพพิทักษ์ทั้งสามตามตำนานโบราณอย่าง “บารากอน”, “มอสรา” และ “คิงส์กิโดรา” (ซึ่งในภาคนี้เป็นฝ่ายดี) ต้องตื่นขึ้นมาเพื่อรวมพลังกันหยุดยั้งหายนะครั้งใหญ่ที่สุดเท่าที่ญี่ปุ่นเคยเผชิญ