หลังจากติดเกาะมาดากาสการ์ในภาคแรก เหล่าสี่สหาย อเล็กซ์, มาร์ตี้, เมลแมน และกลอเรีย พยายามเดินทางกลับนิวยอร์กด้วยเครื่องบินเก่าที่ซ่อมโดยแก๊งเพนกวิน แต่เครื่องบินกลับไปตกลงกลางทุ่งหญ้ากว้างใหญ่ใน “แอฟริกา” ที่นั่นอเล็กซ์ได้พบกับครอบครัวที่พลัดพรากกันมานาน และต้องพิสูจน์ตัวเองเพื่อเป็นจ่าฝูงที่แท้จริง ท่ามกลางอุปสรรคจากสัญชาตญาณสัตว์ป่าและความวุ่นวายของเหล่านักท่องเที่ยว