เรื่องราวเกิดขึ้นหลังเหตุการณ์ในภาพยนตร์ My Little Pony: A New Generation เมื่อเวทมนตร์กลับคืนสู่เอเควสเทรีย (Equestria) ซันนี่ สตาร์สเกาท์ (Sunny Starscout) ม้าน้อยผู้มองโลกในแง่ดีที่กลายเป็นอลิคอร์น (Alicorn) และเพื่อน ๆ ที่รวมกันเป็น The Mane 5 (ซันนี่, อิซซี่ มูนโบว์, ฮิทช์ เทรลเบลเซอร์, เจ้าหญิงพริพ เพทัลส์ และ เจ้าหญิงซิปป์ สตอร์ม) ต้องออกผจญภัยเพื่อเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับพลังของคิวตี้มาร์ค (Cutie Marks) และเวทมนตร์ที่กลับมา พร้อมเผชิญหน้ากับความท้าทายใหม่ ๆ และวายร้ายอมตะอย่าง โอปาลีน (Opaline) ที่ต้องการครอบครองเวทมนตร์ทั้งหมดในเอเควสเทรียเพื่อปกครองดินแดน