เรื่องย่อ หลังจากแก๊งต้องแตกสลายในตอนจบซีซั่นแรก พวกเขาต้องกลับมารวมตัวกันอีกครั้งเพื่อเผชิญหน้ากับความจริงที่น่ากลัวกว่าเดิม เกี่ยวกับ “สมบัติลึกลับ” ใต้เมือง Crystal Cove แก๊งต้องแข่งกับเวลาและกลุ่ม Mystery Inc. รุ่นดั้งเดิมที่ชั่วร้าย เพื่อหยุดยั้งการฟื้นคืนชีพของ “Entity” สิ่งมีชีวิตโบราณจากมิติอื่นที่จะทำลายล้างโลก โดยมีคำใบ้จากบุคคลปริศนาอย่าง Mr. E และปริศนาที่เชื่อมโยงไปถึงประวัติศาสตร์โลก