เมื่อประวัติศาสตร์ถูกบิดเบือนโดย “ฟีนิส” ไทม์แจ็คเกอร์คนใหม่ ทำให้โลกของ “ฮิเด็น อารุโตะ” (เซโร่วัน) เปลี่ยนไป ฮิวแมนเกียร์กลายเป็นผู้ครองโลกและมนุษย์ต้องอยู่อย่างหลบซ่อน ...

เรื่องราวภาคต่อจากทีวีซีรีส์และเดอะมูฟวี่ เมื่อองค์กรลึกลับ “Lyon Arkland” ได้ทำการจับตัว “จิน” ไปเพื่อใช้ในแผนการสร้างระบบทหาร AI ใหม่ ...