หกเดือนหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก “นีโอ” และกองกำลังกบฏได้รับข่าวร้ายว่ากองทัพเครื่องจักรกำลังขุดเจาะลงมายัง “ไซออน” เมืองสุดท้ายของมนุษย์ ...