2 ปีหลังจากตอนจบของซีรีส์ ไดโกะกำลังจะแต่งงานกับเรนะ แต่เขากลับถูกตามหลอกหลอนด้วยภาพนิมิตเกี่ยวกับอดีตเมื่อ 30 ล้านปีก่อน ในขณะเดียวกัน ทีมขุดค้นได้ปลดปล่อยยักษ์มืด 3 ตน ได้แก่ คามิลล่า, ดาร์รัม ...

ในโลกคู่ขนานที่อุลตร้าแมนเป็นเพียงแค่ตัวละครในทีวี “มาโดกะ ไดโกะ” ชายหนุ่มผู้ฝันอยากเป็นนักบินอวกาศเริ่มเห็นนิมิตเกี่ยวกับสัตว์ประหลาดและการต่อสู้ของเหล่ายอดมนุษย์ ...