ขณะที่พันธมิตรของโลกอ่อนกำลังลง ฮะรุโอะจึงชั่งใจคิดที่จะเข้าร่วมกับฝ่ายเอ็กซิฟ ซึ่งลัทธิอันตรายของฝ่ายดังกล่าวกำลังวางแผนปลุกสัตว์ประหลาดร้ายที่อาจทำลายล้างโลก

ฮะรุโอะกับเพื่อนๆ ติดต่อชนเผ่าพื้นเมืองฮูตูอาบนโลก พวกเขาวางแผนเดินทางไปยังศูนย์พัฒนาเมคาก็อดซิลล่าเพื่อหาวิธีโค่นก็อดซิลล่าให้ได้