ขณะที่พันธมิตรของโลกอ่อนกำลังลง ฮะรุโอะจึงชั่งใจคิดที่จะเข้าร่วมกับฝ่ายเอ็กซิฟ ซึ่งลัทธิอันตรายของฝ่ายดังกล่าวกำลังวางแผนปลุกสัตว์ประหลาดร้ายที่อาจทำลายล้างโลก

ฮะรุโอะกับเพื่อนๆ ติดต่อชนเผ่าพื้นเมืองฮูตูอาบนโลก พวกเขาวางแผนเดินทางไปยังศูนย์พัฒนาเมคาก็อดซิลล่าเพื่อหาวิธีโค่นก็อดซิลล่าให้ได้

เรื่องราวของโลกมนุษย์ที่ถูก Godzilla และเหล่าไคจู ฝ่ายมนุษย์ที่แม้จะมีมนุษย์ต่างดาวมาช่วยก็ยังไม่สามารถต้านทานได้ พวกเขาตัดสินใจหลบหนีไปยังอวกาศเพื่อค้นหาดาวดวงใหม่ แต่กว่า 20 ...