นักบินสองคนบังเอิญไปพบเกาะร้างแห่งหนึ่งและได้เห็นภาพเหตุการณ์สุดระทึก เมื่อ “ก็อดซิลล่า” ตัวที่สองกำลังต่อสู้อย่างดุเดือดกับสัตว์ประหลาดหนาม “แองกิรัส” ...

เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นจากการตรวจพบความผิดปกติบริเวณอ่าวโตเกียว ของเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยชายฝั่ง อันเกิดจากการโจมตีของสิ่งมีชีวิตบางอย่าง จนส่งผลให้เกิดเหตุการณ์น้ำท่วมในระบบ Tokyo Bay ...