“นีโอ” โปรแกรมเมอร์หนุ่มผู้ใช้ชีวิตสองด้านในฐานะแฮกเกอร์ ได้รับการติดต่อจากกลุ่มกบฏลึกลับที่นำโดย “มอร์เฟียส” ซึ่งเปิดเผยความจริงอันน่าตกใจว่า โลกที่เขาอยู่นั้นเป็นเพียงโปรแกรมคอมพิวเตอร์จำลองที่เรียกว่า “เมทริกซ์” ซึ่งถูกสร้างโดยเครื่องจักรเพื่อกักขังมนุษย์ไว้เป็นแหล่งพลังงาน นีโอต้องตัดสินใจเข้าสู่สงครามเพื่อปลดปล่อยมวลมนุษย์และพิสูจน์ว่าเขาคือ “ผู้ถูกเลือก” (The One) ในคำทำนายหรือไม่