บทสรุปแห่งมหากาพย์ไตรภาค เมื่อกองทัพเครื่องจักรบุกมาถึงประตูเมือง “ไซออน” มนุษยชาติต้องทุ่มสุดตัวเพื่อป้องกันฐานที่มั่นสุดท้าย ในขณะเดียวกัน “นีโอ” และ “ทรีนิตี้” ต้องออกเดินทางไปยังนครเครื่องจักร (Machine City) เพื่อเจรจายุติสงคราม แต่ภัยคุกคามที่แท้จริงกลับเป็น “เอเจนท์ สมิธ” ที่ทรงพลังเกินควบคุมและกำลังกัดกินทั้งโลกเมทริกซ์และโลกความจริง นีโอจึงต้องเผชิญหน้ากับการตัดสินใจครั้งสุดท้ายเพื่อคืนสมดุลให้ทั้งสองโลก