เมื่อสัตว์ประหลาด “ไคจู” ยักษ์ที่บุกถล่มญี่ปุ่นจู่ๆ ก็ล้มตายลงอย่างปริศนา ความดีใจของประชาชนกลับกลายเป็นความตระหนก เมื่อซากศพขนาดมหึมาที่กำลังเน่าเปื่อยเริ่มส่งกลิ่นเหม็นคละคลุ้งและเสี่ยงต่อการระเบิดจากก๊าซไข่เน่าที่สะสมอยู่ภายใน ซึ่งอาจทำลายล้างเมืองได้ทั้งเมือง รัฐบาลญี่ปุ่นจึงต้องจัดตั้งทีมเฉพาะกิจนำโดย “อาราตะ” เจ้าหน้าที่กองกำลังพิเศษ เพื่อหาทางกำจัดซากยักษ์นี้ให้ทันเวลาก่อนที่หายนะครั้งใหม่จะอุบัติขึ้น ท่ามกลางความขัดแย้งทางการเมืองและแผนการที่วุ่นวาย