เมื่อ “แกรี่” น้องหอยทากสุดที่รักของสพันจ์บ็อบถูกลักพาตัวไป (หอยหาย!) สพันจ์บ็อบและเพื่อนซี้อย่าง แพทริค จึงต้องละทิ้งความสะดวกสบายในบิกินี่ บ็อททอม ...

เมื่อสพันจ์บ็อบหายตัวไปอย่างลึกลับจากบิกินีบอททอม พรรคพวกสุดเพี้ยนนำโดย แพทริค สตาร์ จึงต้องออกเดินทางผจญภัยครั้งใหญ่สู่ดินแดนที่ลึกที่สุดและอันตรายที่สุดในมหาสมุทรเพื่อตามหาเพื่อนรักกลับมา ...

ชีวิตรักวุ่น ๆ ของ Plankton กับ Karen ที่พลิกหลัง เมื่อ Karen ทิ้งเขาแล้ววางแผนจะทำลายโลก ชวน SpongeBob และกลุ่ม Gal Pals มาช่วยหยุด!