เรื่องราวผ่านไปหลายสิบปีหลังจากสงครามสิ้นสุดลง “นีโอ” หรือในชื่อ “โธมัส แอนเดอร์สัน” กลับไปใช้ชีวิตเป็นนักสร้างเกมชื่อดังในโลกจำลอง ...

บทสรุปแห่งมหากาพย์ไตรภาค เมื่อกองทัพเครื่องจักรบุกมาถึงประตูเมือง “ไซออน” มนุษยชาติต้องทุ่มสุดตัวเพื่อป้องกันฐานที่มั่นสุดท้าย ในขณะเดียวกัน “นีโอ” และ ...

หกเดือนหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก “นีโอ” และกองกำลังกบฏได้รับข่าวร้ายว่ากองทัพเครื่องจักรกำลังขุดเจาะลงมายัง “ไซออน” เมืองสุดท้ายของมนุษย์ ...

“นีโอ” โปรแกรมเมอร์หนุ่มผู้ใช้ชีวิตสองด้านในฐานะแฮกเกอร์ ได้รับการติดต่อจากกลุ่มกบฏลึกลับที่นำโดย “มอร์เฟียส” ซึ่งเปิดเผยความจริงอันน่าตกใจว่า ...