เรื่องราวเกิดขึ้นก่อนเหตุการณ์ในทีวีซีรีส์ “มุซาชิ” เด็กชายผู้เชื่อมั่นในตัวตนของมนุษย์ยักษ์และสัตว์ประหลาด ได้พบกับ อุลตร้าแมนคอสมอส ที่ได้รับบาดเจ็บจากการต่อสู้กับมนุษย์ต่างดาว ...

เมื่อภัยคุกคามใหม่จาก “แบทเซจิน” และสัตว์ประหลาดในตำนาน “ไฮเปอร์เซ็ตตั้น” บุกทำลายล้างโลกในมิติขนานจนมนุษย์เกือบสูญสิ้น เหลือเพียงกลุ่มเด็กและกองกำลังหญิงอาสา Team U ...