ในซีซันนี้ เบ็นและรูคต้องเผชิญกับการรุกรานครั้งใหญ่จากกองทัพ “อินเคอร์เซียน” นำโดยเจ้าหญิงอาเธียที่เข้ามายึดครองโลก จนเบ็นต้องกลายเป็นฝ่ายหลบหนีและรวบรวมพันธมิตรเพื่อทวงคืนโลกกลับมา ...