ในซีซันนี้ เบ็นและรูคต้องเผชิญกับการรุกรานครั้งใหญ่จากกองทัพ “อินเคอร์เซียน” นำโดยเจ้าหญิงอาเธียที่เข้ามายึดครองโลก จนเบ็นต้องกลายเป็นฝ่ายหลบหนีและรวบรวมพันธมิตรเพื่อทวงคืนโลกกลับมา นอกจากนี้ยังมีเรื่องราวความวุ่นวายของ “เบ็นรุ่นจิ๋ว” ในอดีตที่ส่งผลกระทบมาถึงปัจจุบันให้ต้องตามแก้กันอีกด้วย