สองร้อยปีหลังจากเหตุการณ์ใน Alien³ ร่างโคลนของ Ellen Ripley ถูกสร้างขึ้นบนยานอวกาศ Auriga โดยนักวิทยาศาสตร์หวังใช้มันผสมผสาน DNA ของเธอกับ Xenomorph Queen เพื่อศึกษาพันธุกรรมอันร้ายกาจ ขณะเดียวกัน กลุ่มนายพราน (mercenaries) ก็นำมนุษย์ที่ถูกลักพาตัวมาให้เป็นโฮสต์แก่เอเลียน แต่เมื่อสัตว์ประหลาดหนีออกจากกรงทดลอง Ripley และกลุ่มเหล่านี้ต้องร่วมมือกันหลบหนีจากยานที่เต็มไปด้วยเอเลียน และหยุดยั้งยาน Auriga ก่อนที่จะกลายเป็นภัยคุกคามสู่โลก