สงครามจอกศักดิ์สิทธิ์ทวีความรุนแรงและบิดเบี้ยวขึ้น เมื่อ “เงา” ปริศนาเดินหน้ากัดกินเหล่าเซอร์แวนท์และผู้คนในเมืองฟุยุคิ “เอมิยะ ชิโร่” ตัดสินใจละทิ้งอุดมการณ์การเป็นผู้ผดุงความยุติธรรมเพื่อปกป้อง “มาโต้ ซากุระ” เพียงคนเดียว แม้จะรู้ว่าพลังที่ตื่นขึ้นในตัวเธอนั้นคือต้นเหตุของหายนะครั้งใหญ่ ขณะเดียวกัน ความจริงอันน่าสยดสยองเกี่ยวกับตระกูลมาโต้และโศกนาฏกรรมที่ซากุระได้รับมาตลอดชีวิตก็ถูกเปิดเผย นำไปสู่การตัดสินใจที่เปลี่ยนโชคชะตาของทุกคนไปตลอดกาล