โคนันและแก๊ง Detective Boys ได้รับเชิญไปร่วมงานเปิด “Domoto Concert Hall” โดยมีคอนเสิร์ตเปิดการแสดงพร้อมกับเครื่องดนตรีระดับโลก รวมถึง organ, violin, และ soprano ชื่อดัง Reiko Akiba แต่เกิดเหตุระเบิดและฆาตกรรมต่อเนื่องชายในวงดนตรี โดยฝีมือฆาตกรผู้จับเสียง “perfect pitch” มาใช้จ่ายแผนฆาตกรรม ผ่านทางโน้ตดนตรีที่เลือกผิดรูปแบบ 
โคนันต้องใช้ความสามารถช่างสังเกตและความรู้เกี่ยวกับดนตรีไขคดี ก่อนปะทะจิตวิทยากับ Takumi Fuwa ผู้ทนไม่ได้ที่ลูกชายและศักดิ์ศรีถูกทำลายจากวงดนตรี