เรื่องเริ่มต้นเมื่อมีเรือสงสัยลำหนึ่งวางระเบิดโผล่ในอ่าวไมซึรุ กระตุ้นให้กลุ่มโคนัน — รวมรัน, โคโกโร่, เด็กๆ และอากาสะ — ได้รับเชิญไปเยี่ยมชมเรือรบอิจกิส JDS Hotaka ซึ่งมีการซ้อมสาธิตยิงขีปนาวุธและต่อต้านเรือสปายลึกลับ เมื่อมีการพบศพเจ้าหน้าที่สหภาพป้องกันตนเองญี่ปุ่น (SDF) นักสืบจิ๋วสังเกตว่าอาจมี “สายลับ X” แฝงตัวบนเรือ
โคนันประสานกับ เฮย์จิ ฮัตโตริ และ คาซึฮะ เกิดฉากลุ้นไล่ล่าเมื่อสายลับทำร้ายเด็กและรันถูกทิ้งทะเล พวกเขาตามหา X และเปิดเผยว่า Kurata เจ้าหน้าที่ SDF ฆ่าลุกน้องเพื่อปกปิดอุบัติเหตุ ขณะที่ “Nanami Fuji” เจ้าหน้าที่หญิงร่วมกระโดดลุยช่วยโคนันก่อนปิดคดี