โคนันและทีม Junior Detective ไปตั้งแคมป์ใกล้ภูเขาไฟฟูจิ ก่อนจะบังเอิญเห็น Twin Towers สถานที่จัดงานเปิดตึกสุดหรูในเมืองนิชิตะมาจิ ทว่าภายในอาคารเริ่มเกิดคดีฆาตกรรมต่อเนื่องท่ามกลางเสียงลือว่าเป็นฝีมือ Organization และบุคคลในเงามืด สมาชิกอย่าง Gin & Vodka ยังแฝงตัวเข้ามาเพื่อลอบสังหาร Shiho Miyano (Haibara) ด้วย! เมื่อระเบิดและไฟลุกท่วมใจกลางตึก ทีมต้องตัดสินใจระทึก — พาเด็กๆ หนีจากชั้น 75 ผ่านเส้นชีวิต Ford Mustang, ยิงสเก็ตบอร์ดข้ามระหว่างตึก ฯลฯ