เริ่มต้นจากการที่ไจแอนท์และซึเนะโอะอยากไปสำรวจดินแดนลึกลับที่ยังไม่มีใครเคยค้นพบ โนบิตะจึงไปขอให้โดราเอมอนช่วยหาตำแหน่งจากภาพถ่ายดาวเทียม จนกระทั่งโนบิตะได้พบกับสุนัขจรจัดตัวหนึ่งชื่อ “เปโกะ” ซึ่งเปโกะได้นำทางพวกเขาไปพบกับรูปปั้นปริศนาในป่าลึกของทวีปแอฟริกา ที่นั่นคืออาณาจักร “บาวันโก” เมืองของสุนัขที่มีวิวัฒนาการเหมือนมนุษย์ แต่กำลังถูกยึดครองโดยขุนนางผู้ชั่วร้ายที่หวังจะใช้เทคโนโลยีอาวุธโบราณรุกรานโลกมนุษย์ โดราเอมอนและเพื่อนๆ จึงต้องช่วยเปโกะทวงคืนราชบัลลังก์และปกป้องโลกใบนี้ไว้