โนบิตะและโดราเอมอนใช้เครื่องมือวิเศษเพื่อไปช่วยเหลือนกโมอาที่เพิ่งสูญพันธุ์ แต่กลับถูกพาไปยัง “เกาะเบเรกามอน” ซึ่งเป็นเกาะลึกลับที่เต็มไปด้วยสัตว์ดึกดำบรรพ์ที่สูญพันธุ์ไปจากโลกแล้ว ที่นั่นพวกเขาได้พบกับ “ดัคเค่” เด็กชายที่หน้าตาเหมือนโนบิตะอย่างกับแกะ และต้องร่วมมือกับชาวเผ่าร็อคโคโลเพื่อปกป้อง “โกลเด้นเฮอร์คิวลิส” ด้วงทองคำในตำนานที่เป็นขุมพลังของเกาะให้พ้นจากเงื้อมมือของพ่อค้าสัตว์ป่าผู้ชั่วร้าย