หลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก ชินระ และหน่วยที่ 8 ได้รู้ความจริงว่าศัตรูที่แท้จริงคือ “ผู้นำทาง” (Evangelist) ที่มีเป้าหมายจะทำให้โลกมอดไหม้ ในซีซันนี้ ชินระต้องออกเดินทางตามหา “เสาหลัก” คนใหม่ๆ ที่มีพลัง Adolla Burst เพื่อป้องกันไม่ให้ตกไปอยู่ในมือของศัตรู พร้อมทั้งสืบค้นความจริงเกี่ยวกับเหตุการณ์ไฟไหม้เมื่อ 12 ปีก่อน และความลับของสถาบันศาสนาแห่งแสงอาทิตย์ (Holy Sol Temple) ที่กุมความลับเรื่องต้นกำเนิดของมนุษยชาติไว้