เมื่อ “ซากุไร เคย์วะ” (ไทคูน) และพี่สาวของเขา “ซาร่า” ถูกดึงเข้าไปยังโลกคู่ขนานที่เต็มไปด้วยเหล่านินจา พวกเขาได้พบกับ “คางุระ เร็นทาโร่” (ชิโนบิ) ไรเดอร์นินจาจากยุคปี 2022 ในเส้นเวลาอื่น ทั้งสองต้องร่วมมือกันต่อสู้กับกลุ่มนินจาชั่วร้ายที่พยายามชิงพลังจากเหล่าไรเดอร์ ศึกตัดสินระหว่างนินจาต่างยุคสมัยจึงอุบัติขึ้นเพื่อปกป้องโลกนินจาและหาทางกลับสู่โลกเดิม