กลุ่มผู้มาเยือนจากอนาคตปี 2204 (Futurians) เดินทางมายังญี่ปุ่นยุคปัจจุบันเพื่อเตือนว่าก็อดซิลลาจะทำลายญี่ปุ่นจนพินาศ พวกเขาจึงวางแผนย้อนเวลาไปปี 1944 เพื่อกำจัด “กอดซาอูรัส” ก่อนที่จะกลายเป็นก็อดซิลลา แต่แท้จริงแล้วมันคือแผนการร้ายที่จะแทนที่ก็อดซิลลาด้วยสัตว์ประหลาดสามหัว “คิงส์ กิโดรา” เพื่อควบคุมญี่ปุ่น เมื่อแผนล้มเหลวและก็อดซิลลาตัวใหม่ปรากฏตัวขึ้นพร้อมพลังที่มากกว่าเดิม การต่อสู้ครั้งใหญ่เพื่อตัดสินชะตาโลกจึงเริ่มขึ้น รวมถึงการปรากฏตัวของ “เมก้า คิงส์ กิโดรา” จากอนาคต!