หลังจากอุกกาบาตตกลงสู่มหาสมุทรแปซิฟิก ได้ปลุกสัตว์ประหลาดดึกดำบรรพ์อย่าง “มอสรา” (Mothra) และคู่ปรับตัวฉกาจของมันอย่าง “บัตตร้า” (Battra) ให้ตื่นขึ้นมาจากการหลับใหล ท่ามกลางวิกฤตสิ่งแวดล้อมที่โลกถูกทำลายโดยฝีมือมนุษย์ ก็อดซิลลา ก็ได้ปรากฏตัวขึ้นเพื่อเผชิญหน้ากับทั้งคู่ มอสราในฐานะเทพเจ้าผู้พิทักษ์โลกต้องพยายามหยุดยั้งทั้งการทำลายล้างของก็อดซิลลาและความบ้าคลั่งของบัตตร้า เพื่อรักษาสมดุลของธรรมชาติให้กลับคืนมา