ความซวยครั้งใหม่เริ่มต้นขึ้นเมื่อเจ้า สแคร็ต บังเอิญไปเปิดใช้งานยานอวกาศลึกลับและออกไปป่วนในอวกาศจนทำให้เกิดการพุ่งชนของดวงดาวและส่งอุกกาบาตยักษ์มุ่งหน้ามายังโลก เพื่อเอาชีวิตรอดจากวันสิ้นโลก แมนนี่, ซิด, ดีเอโก้ และพรรคพวกทั้งหมดจึงต้องออกเดินทางครั้งยิ่งใหญ่ไปยังสถานที่ลึกลับอย่าง “จีโอโทเปีย” (Geotopia) ดินแดนคริสตัลศักดิ์สิทธิ์ โดยมี บัค วีเซิลตาเดียวกลับมาเป็นผู้นำทีมเพื่อหาทางเบี่ยงเบนทิศทางอุกกาบาตลูกนี้