ในโลกอนาคตที่ประชากรส่วนใหญ่กลายเป็น “ออร์เฟน็อกซ์” และมนุษย์ที่เหลืออยู่เพียงน้อยนิดต้องอยู่อย่างหลบซ่อน อินุอิ ทาคุมิ (ไฟซ์) หายสาบสูญไปในการรบครั้งใหญ่ จนกระทั่งองค์กรสมาร์ทเบรนส่ง “ไซก้า” และ “ออร์ก้า” มาสค์ไรเดอร์ผู้ทรงพลังมาเพื่อกวาดล้างเผ่าพันธุ์มนุษย์ให้สิ้นซาก ทาคุมิจึงต้องกลับมาอีกครั้งเพื่อยุติสงครามและปกป้องความฝันของมนุษยชาติ