หายนะครั้งใหญ่ได้เริ่มต้นขึ้น เมื่อ กาโอ จอมวายร้ายข้ามเวลาได้ขโมยเดนไลเนอร์และกักขังเหล่าอิมาจินไว้บนขบวนรถไฟ ทำให้เรียวทาโร่และฮานะต้องติดอยู่ในอดีตปี 2000 พวกเขาได้พบกับเรียวทาโร่ในวัยเด็ก แต่เรื่องเลวร้ายกว่านั้นคือ ความทรงจำของเรียวทาโร่ในปัจจุบันที่มีต่อเด็นโอกำลังค่อยๆ เลือนหายไปในขณะที่แผนการอันชั่วร้ายของกาโอใกล้จะสำเร็จ และอนาคตของกาลเวลากำลังตกอยู่ในอันตราย ความหวังเดียวที่เหลืออยู่จึงฝากไว้กับแผนการอันซับซ้อนของยูโตะ และโชคชะตาอีกเล็กน้อยเท่านั้น พวกเขาจะทวงคืนรถไฟแห่งเวลาและปกป้องประวัติศาสตร์ไว้ได้หรือไม่ก่อนที่ทุกอย่างจะสายเกินไป