สองปีหลังจากการรุกรานของเอเลี่ยนในภาคแรก มนุษยชาติที่หลงเหลืออยู่ในออสเตรเลียยังคงทำสงครามต่อต้านอย่างต่อเนื่อง ท่ามกลางความขัดแย้งระหว่างมนุษย์ด้วยกันเองและการร่วมมือกับเอเลี่ยนบางกลุ่มที่แปรพักตร์ พวกเขาได้ค้นพบความลับของปฏิบัติการ “Rainfall” ซึ่งเป็นอาุธหรือกุญแจสำคัญที่อาจยุติสงครามครั้งนี้ได้ กลุ่มผู้รอดชีวิตจึงต้องออกเดินทางฝ่าสมรภูมิเพื่อตามหาความจริงก่อนที่เผ่าพันธุ์มนุษย์จะถูกกวาดล้างจนหมดสิ้น