ในป่าโอโกย่าอันห่างไกลซึ่งเป็นเขตรักษาพันธุ์โปเกมอนที่ห้ามมนุษย์ย่างกรายเข้าไป โกโก เด็กหนุ่มที่ถูกเลี้ยงดูมาโดยโปเกมอนในตำนานอย่าง ซารูด เชื่อมาตลอดว่าเขาเองก็เป็นโปเกมอนตัวหนึ่ง จนกระทั่งเขาได้พบกับ ซาโตชิ และ พิคาชู การพบกันครั้งนี้ทำให้โกโกเริ่มตั้งคำถามเกี่ยวกับตัวตนของเขา และเมื่อภัยคุกคามจากภายนอกกำลังจะทำลายป่าอันเป็นที่รัก พวกเขาต้องร่วมมือกันเพื่อปกป้องบ้านและพิสูจน์สายสัมพันธ์ระหว่างมนุษย์และโปเกมอน