ซีซัน 3 ย้ายฉากไปยังเรือนจำในประเทศปานามา ชื่อ โซนา (Sona Federal Penitentiary) ซึ่งเป็นคุกที่รัฐบาลละทิ้งและปล่อยให้นักโทษบริหารจัดการกันเอง ทำให้มันกลายเป็นคุกที่อันตรายที่สุดในโลก

ไมเคิล สกอฟิลด์ และ อเล็กซานเดอร์ มาโฮน (รวมถึง ที-แบ็ก และ เบลลิค) ถูกขังที่นั่น ในขณะที่ ลินคอล์น เบอร์โรวส์ อยู่ข้างนอกและถูก “เดอะ คอมพานี” (The Company) บังคับให้ไมเคิลต้องแหกคุกอีกครั้ง เพื่อพาตัวนักโทษปริศนาชื่อ เจมส์ วิสท์เลอร์ (James Whistler) ออกมา แลกกับการปล่อยตัวลูกชายของลินคอล์น (L.J.) และ ดร.ซาร่า แทนเครดิ ที่ถูกจับเป็นตัวประกัน