“มุซาชิ” ในวัยหนุ่มได้ทำตามความฝันในการเป็นนักบินอวกาศ เขาได้เดินทางไปยังเกาะไซปันและพบกับมนุษย์ต่างดาว “ชอว์” และ “ยีน” ผู้รอดชีวิตจากดาวเคราะห์ที่ถูกทำลายโดยอาวุธชีวภาพ “แซนด์รอส” เมื่อศัตรูร้ายตามมารุกรานโลกและพยายามเปลี่ยนโลกให้เป็นดาวที่ตายแล้ว มุซาชิจึงต้องเรียกหาความช่วยเหลือจากอุลตร้าแมนคอสมอสอีกครั้ง โดยครั้งนี้มีนักรบปริศนา “อุลตร้าแมนจัสติส” ปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับอุดมการณ์ที่แตกต่าง