หลังจากสงครามกับกลุ่มสเฟียร์จบลง ท้องฟ้าเหนือโลกกลับมาเงียบสงบอีกครั้ง แต่แล้ววิกฤตครั้งใหม่ก็อุบัติขึ้นเมื่อศัตรูร้ายลึกลับ “ศาสตราจารย์กิเบลุส” ได้ยกกองทัพเอเลี่ยนบุกโจมตีโลก ในขณะที่ “คานาตะ” ไม่สามารถแปลงร่างเป็นอุลตร้าแมนเดกเกอร์ได้อีกต่อไป เหล่าสมาชิกหน่วย GUTS-SELECT ต้องเผชิญกับศึกหนัก และในวินัยสิ่วหน้ามือนั้นเอง “อุลตร้าแมนไดนาส” นักรบหญิงลึกลับก็ได้ปรากฏตัวขึ้นเพื่อร่วมต่อสู้และชี้ชะตาอนาคตของมนุษยชาติ