เรื่องราวของ “มุโต้ ยูกิ” เด็กหนุ่มผู้ครอบครอง “ตัวต่อพันปี” ซึ่งบรรจุวิญญาณของฟาโรห์ไร้นามจากอียิปต์โบราณ เมื่อยูกิเผชิญกับอันตราย วิญญาณดวงนี้จะออกมาปรากฏตัวเพื่อเผชิญหน้ากับศัตรูผ่านการเล่น “ดูเอลมอนสเตอร์” เกมการ์ดที่เต็มไปด้วยพลังมืดและกลยุทธ์ เพื่อปกป้องเพื่อนและค้นหาความทรงจำที่หายไปของฟาโรห์